バックアップ アーカイブの暗号化が有効になるのは、ディスクまたはパーティションをイメージ バックアップする場合に限ります。
ファイル バックアップでは有効になりません。

なお、増分・差分バックアップファイルも含めて暗号化する為には、完全バックアップファイルを暗号化して作成する必要があります。